Si vendes la vivienda, la plusvalia de la venta en el IRPF se obtiene por la diferencia entre el valor de venta y el de compra, con independencia del pendiente de amortizar.
Si tienes un mayor valor pendiente de amortizar en la venta, como este pendiente, lo tienes que amortizar antes de la venta, tienes el limite de los 9.040 euros como maxima deducción por amortizacion, incluidas las cuotas pagadas en ese ejercicio antes de la venta.
Si aplicas la compensaciòn del banco por la clausula suelo, no tienes que cumplimentar nada en tu IRPF y tienes menos pendiente de amortizar en la venta, con lo cual puede que los 9.040 de limite de deduccion te sea suficiente.
De cualquier manera entiendo que lo mas practico y posiblemente mas economico fiscalmente es aplicar la compensacion a la amortizacion del prestamo.
Saludos