Requerimiento por no aplicacion de la prorrata general de IVA

Tengo en alquiler 2 locales (solo míos) y una vivienda (a medias con mi marido). En separación de Gananciales. Pago el IVA cada 3 meses por los 2 locales y me deduzco las facturas con IVA correspondientes a estos locales. Pero nunca he facturado la vivienda (al no tener IVA ni retención), aunque sí la declaro.
Ahora me envía hacienda un requerimiento por no haber aplicado la “regla general de prorrata”.
La mitad del ingreso de la vivienda (que es lo que me corresponde), supone aprox un 11% del total de mis ingresos por alquileres en 2015.
Tengo que contestar al requerimiento y no sé cómo justificarme por esto. ¿Alguien me puede ayudar?
Gracias

Presentas una alegación al requerimiento, indicando que eres una persona física que no realizas ninguna actividad comercial y que tienes dos fuentes de renta por alquileres.

Una de Locales comerciales con aplicación del IVA , que esta totalmente diferenciada de la otra de alquiler de la Vivienda sin aplicación de IVA y no existen gastos comunes a los que se les deba aplicar prorrata.

Si dispones de justificantes de los gastos asociados a los Locales comerciales , seria interesante que les adjuntaras PDF,s de los mismos.

Saludos