Duda factura de autónomo

hola. Soy autónomo y doy clases particulares. Hago facturas a mis alumnos, sin retención de IRPF.
Mi duda es que un alumno nuevo me ha hecho el ingreso desde una cuenta bancaria cuyo ordenante me aparece como Nombre de Empresa S.L. Entonces:
tengo que hacer la factura a esa empresa con la retención del 15% de IRPF? o sin IRPF a nombre del alumno particular? O le tengo que preguntar qué prefiere?

qué sería lo correcto? gracias por la ayuda.

¿A nombre de quien está la factura?

En todo caso, importa poco por tu parte. 
El "obligado" a retener es el pagador, lo ponga o no lo ponga en la factura. Cuando en una factura de un profesional se pone o indica un % de retención es por dos razones:
a.- Por cortesía
b.- Por solicitud expresa de un % de retención menor del que corresponde

Fuera de eso, indicar retención en la factura es un uso y costumbre, habitual y correcto, pero para nada obligatorio.

estoy elaborando la factura para entregársela al alumno, por eso pregunto, si sería más correcto hacerla a su nombre sin retención, o a nombre de la empresa con el 15% de retención. Gracias