Cómo se aplican las bonificaciones en las nóminas - Contrato Laboral

Hola buenas, acabamos de incorporar a una trabajadora con el modelo de contrato de formación en alternancia. Las bonificaciones de los contratos de alternancia (en SS, ¿tutorización) se aplican en la nómina y deben aparecer en ella? ¿O simplemente la SS cuando te pasa el recibo te lo descuenta directamente de las cotizaciones sociales? Lo digo porque mi gestor me ha mandado la primera nómina de la trabajadora q lleva con nosotros 5 días y en ella no veo bonificación alguna.