Subrogación entre empresas - derecho laboral

Buenos días, me van a cambiar de empresa dentro del grupo por cierre de la primera con una subrogación, el caso es que me bajan el sueldo y por lo tanto la cotización. La intención de la empresa es pagarnos la diferencia de cotización en nómina para que nos hagamos un convenio especial y así tener la misma cotización que en la anterior empresa. Las preguntas son: 
si me despiden el paro será en base a toda la cotización o solo lo que me paga la empresa??
Influirá que me lo paguen en nómina en la declaración de renta??
Qué cotización tendré en el paro una vez finalice mi relación laboral? Solo la de la empresa o ésta más la del convenio especial??
Luego el paro que cobraré posteriormente será con la cotización de la empresa o de la suma de las dos??

el convenio especial entiendo que no cotiza al desempleo:

http://www.mitramiss.gob.es/es/Guia/texto/guia_14/contenidos/guia_14_32_1.htm

Se da cobertura a las situaciones derivadas de contingencias comunes a excepción de los subsidios de incapacidad temporal, maternidad, paternidad, riesgo durante el embarazo y riesgo durante la lactancia natural, quedando asimismo excluidas la protección por desempleo, Fondo de Garantía Salarial y Formación Profesional.

Entiendo entonces que para el desempleo tendrían en cuenta lo que cotices como trabajador, y si te despidieran, te calculan la prestación con la media de los últimos 180 días cotizados.

Así, te puede perjudicar según lo que ganes antes y después del cambio de empresa: pues la prestación es el 70% durante los primeros 180 días de la base calculada con esa media de cotizaciones de 180 días y luego el 50%, con los topes que marca la ley (por ejemplo, 1098 euros al mes sin hijos a cargo):

https://www.sepe.es/contenidos/personas/prestaciones/Cuantias_anuales.html

Fiscalmente, no tendría impacto que te lo paguen en nómina, ya que por un lado se suma como rendimiento del trabajo, pero por otro el convenio especial se resta como "gastos deducibles" de igual manera que se restan las cotizaciones que te cargan directamente en la nómina.

Muchas Gracias!!