Hola,
Primero, perdona la tardanza. Empecé a escribir la respuesta, algo me interrumpió, y a medias la dejé... Cuando me he dado cuenta hoy todavía estaba guardado el borrador de lo que escribí ayer.
Ahora, respecto a la nueva información sobre el tracto sucesivo que expones: la posibilidad de poder facturar ese concepto de liquidación de gananciales ocurriría, únicamente, si a la hora de inscribir la Escritura de partición de herencia del sobrino, la finca todavía constaba como de propiedad registral de la sociedad de gananciales de tus padres -creo que este sí es su caso por lo que indica respecto de la falta de tiempo para repartir-.
Si el dominio de la misma ya constaba a nombre suyo y de su difunta hermana, como lo recibido vía mortis-causa es siempre privativo a pesar del régimen económico matrimonial, no procedería la tarificación de ese concepto por ninguna de las adjudicaciones a realizar -no sería la primera vez...-, así que le animo a preguntar al Registro y reclamarlo en su caso.
Un saludo,