Es bastante sencillo.
Si haces la hipoteca en Yenes por ejemplo, tu deuda se cambia a Yenes... Desde este momento ya no debes X euros, sino Z yenes.
Cada vez que el Yen pierda respecto al Euro, como cobras en Euros, comprarás más Yenes por menos dinero y saldrás ganando. Si en ese momento decides volver a los Euros la deuda será significativamente menor que la que tienes ahora.
En cambio, cada vez que el Yen suba respecto al Euro, como tu cobras en Euros, pues tendrás que pagar más euros para comprar Yenes y te saldrá mucho más caro que ahora, es más, si te arrepientes y quieres reconvertir tu deuda de Yenes a Euros, además tener que pagar más Euros para conseguir los Yenes, tendrás que pagar la comisión correspondiente por el cambio.
Si algún día tienes que volver a Euros, analiza a qué costo (Euribor + X%) y compáralo con las que hay ahora en el mercado.
No creo que la elección sea tan sencilla.